住宅ローンがあります。その場合、定額減税は住宅ローン控除に影響しますか？

影響しません。

住宅ローン控除を優先的に行い、残りの所得税に対して定額減税をするという順序になります
＊（住宅借入金等特別控除等を適用した後の所得税額）－（定額減税額）

令和6年分の所得税額から定額減税額（定額減税可能額）を控除しきれないと見込まれる場合は、市区町村から給付されます。